A história do jogo também é diferente da série original, apesar de ser paralela, tanto o enredo como alguns dos personagens são diferentes. O jogo se passa em 2016, quando um jato levando um político iminente é seqüestrado.
Para libertar o político, os terroristas exigem algo chamado Pythagoras. Ao pesquisar mais aprofudadamente, o governo estadunidense descobre que este é o nome de um projeto em desenvolvimento na região sul da África. Após uma tentativa de resgate frustrada do político, o governo dos EUA convoca o mercenário aposentado Solid Snake para resgatá-lo.
O jogo usa um sistema semelhante a jogos de troca de cartas no estilo Magic: The Gathering, e oferece as opções de ação através dessas cartas. Pelo custo (COST) de cada uma delas, é possível calcular a ordem que cada um dos personagens farão suas jogadas.
CONTRA ADVENTURE
GANGS OF LONDON
TINY HAWK´S PRO SKATER 4
TEST DRIVE 6
Obscure